採択されたならば，次に照射を行う実験日を決定します。照射設備は利用期間毎に，共同利用可能運転，低出力運転など運転計画が立てられています。公表あるいは送付されてきた運転計画と自分達の利用計画を照らし合わせて希望を提出します。時期によっては照射や測定器，実験室の利用が集中することもありますので，予め，利用施設担当者と相談しておくのが良いでしょう。

実験日が決定したならば，所定の書類に利用を希望する実験日，照射設備などを記入して受付窓口に提出します。その後，共同利用施設の方で実験日の調整がなされて利用する実験日が連絡されます。

試料を照射容器に詰めておきます。利用施設で実験日当日に詰められる場合もありますが，試料の漏れや容器の亀裂など，照射容器の試験を行うため，照射前日までに照射容器に試料を詰めて提出しなければいけない場合もあります。また，半減期が長い核種を測定対象とする場合，予め試料を詰めて送付しておき，照射日に照射してもらい，放射線量が低くなってから受け取りに行くと被曝線量を抑えることができます。

一部の照射を除いて，利用施設担当者に照射を依頼します。適当な冷却時間が経った後，照射した容器が渡されます。実験者が開封し，その施設で化学操作や放射線測定を行います。開封作業が施設を汚染する可能性が最も大きいので，十分注意してフード内で行うようにします。

CPAAではサイクロトロンを使用します。照射設備の準備など，中性子放射化分析に比べると、利用者自らで準備しなければならないことが多いのが現状です。国内でCPAAが利用できる施設には，日本アイソトープ協会　仁科記念サイクロトロンセンター（岩手県・滝沢村）と，東北大学サイクロトロンRIセンター（宮城県・仙台）があります。仁科記念サイクロトロンセンターでは，軽元素の分析を行うことができるようになりました。また、依頼分析は住重試験検査が行っています。東北大学サイクロトロンRIセンターは，学内共同利用施設ですので東北大学の教官の方と共同で課題を申し込む必要があります。